El Departamento Académica es el responsable de la programación, planificación y ejecución de las carreras que se dictan en la Escuela Superior de Guerra Conjunta de las Fuerzas Armadas.
Para tal fin, dicho Departamento cumple sus funciones específicas a través de las Áreas Estrategia, Operaciones, Administración y Ejercicios; las Direcciones de Carrera y la División Personal Docente.
La oferta educativa está relacionada con las siguientes carreras de posgrado, con títulos oficiales (en proceso de acreditación):
En ambos casos, los interesados deberán satisfacer competencias y requisitos de ingreso especificados en las normativas particulares del Instituto.
Las carreras de posgrado se desarrollan de manera presencial durante un año lectivo. Para la graduación como Especialista en Estrategia Operacional y Planeamiento Militar Conjunto, se requiere la aprobación de un Trabajo Final Integrador de saberes; mientras que para obtener el título de Magister, se debe defender y aprobar una Tesis de Maestría.